新开始游戏时，要给主角取个名字，按SELECT可以切换到汉字输入，接下来进入游戏，游戏和城之内来到主角的家，一番激励后，问主角是否组好了卡组，不同的回答并不影响剧情（以后绝大多数问题都是这样）。之后三人来到广场上，海马濑人也出现了。作为这次BATTLE CITY大会的举办者，海马宣布了比赛规则：比赛场地是整个童实野町，最先收集到6枚PUZZLE CARD的8位决斗者，就可以进入复赛；此外，决斗时可以用自己的一张卡片作为赌注，失败者要将自己的一张稀有卡送给对手。宣布完毕后，海马便离开了广场，城之内也先走一步。
　　大会9点钟才会开始，主角到广场上分别认识了孔雀舞、尾木渔太、羽蛾、龙崎、骨冢等比较有实力的决斗者（对他们按R，让他们离场，包括武藤游戏）。很快时间就到了，比赛也正式开始，在广场上找那些杂鱼练练手吧（按A是对话，按R就能提出挑战）没想到居然都是一些不堪一击的弱者。在这里声明一点，提出挑战后，在对决开始前最好选择自己的一张卡片（要包里的，手上卡组里的不行）作赌注，这样胜利后可以得到对手赠与的一张卡，真是无本生意。是不是自己拿出的卡越稀有，对手给与的也越稀有，在下不太清楚，不过还是建议大家，尽量选最稀有的卡作赌注吧。
　　广场左下方是游戏家的玩具店，能看到爷爷和杏子。跟爷爷对话，可以得知在自己家的书桌前按A，就可以SAVE了。在家门口遇见了本田广人，本田说他并不是参赛者，而是特邀客串，来支援朋友们的。不过也可以和他比试，居然他没有一张卡的攻击力超过300。这就是"特邀嘉宾”的实力吗？！不过胜利之后，他所给的卡还算不错，多数是攻1500以上的4星卡，而且可以跟他对战无限次。遗憾的是级别不够，目前还不能使用。怎么办？继续努力吧！
　　回到广场上，右下方能看见恐龙使龙崎，向他挑战，他居然说"你和我不是同一级数，以后再来吧”。继续向下走，可来到海马会社，向看门人挑战，答曰"试试吧，就一次哦”。不过奉劝各位，如果你是拿最开始那套卡跟他打的话，好自为之，在下也帮不了你了。他的怪物平均攻900，且以雷魔族居多，最好在卡组里多放一些土魔族，利用属性相克击败他，能得到一张攻1800的灯之魔精。进到海马会社里面，只见海马圭平在调试一个古怪的机器，一问原来是哥哥做的决斗机器。虽然圭平不接受挑战，但可以和决斗机器对战，它的卡组和看门人相同，从这儿得到的卡就是海马濑人常用的一些低星怪物，实力大都很强。
　　四处转够之后，就可以到广场右上角的墓地，向骨冢挑战了。进墓地前，先K掉骨冢的"小弟”，这样骨冢就会应战了。按照原作，骨冢的怪物以不死系为主。获胜后可得到一张PUZZLE CARD和他的最强卡"099幽灵南瓜王”。多找他打几次，还可以得到"096铠武者丧尸”"097龙丧尸”和"098杀人小丑丧尸”等卡。再到游戏的家去一次，能看到城之内，目前他很弱，胜利后可得强力卡"742真红眼黑金属龙”。
　　之后去广场正上方的街道，会遇见超能力者铝场三兄弟，也不怎么强，其中铝场的怪物平均攻600，以雷魔族为主。胜利后可得第三张PUZZLE CARD和铝场的主力卡，超恐怖怪物"752人造人间～精神振击者”，昵称"索加”，是能让全场陷阱破坏的BT效果卡。击败铝场后与他对话，会问主角："我没能取得胜利，还将最强的卡输给了你，这样的我，背叛了和弟弟们订下的约定，我是可耻的人吧？"主角回答"不是这样的”，铝场的弟弟们会说"他们一直都是以哥哥为荣耀，以后也会这样”（千万不要回答"是”，否则铝场会离开广场，再也不能和他对决了）。以后与铝场多打几次，还可以得到"756魔镜导士”，很强的效果怪物。
　　现在再去向龙崎挑战，面对连续击败两位"强者”的主角，他也就接受了。龙崎跟铝场实力差不多，怪物大多数都是土魔族，不过有附加地形荒野，是能让他的恐龙军团提升威力的地形。基本上，一只风魔族怪物就能把他的恐龙肃清了。胜利后可得第四张PUZZLE CARD和一张"011剑龙”，比较弱的6星卡。接下来也是跟铝场相同，他提问时要选择"不是这样的”，否则他也不会和你对决了，不过从他这里也拿不到什么好卡。再转身向上走，只见骨冢站在广场上，走过去一问，原来是输给古鲁斯集团（漫画中由马力古操控的猎卡集团）的人，从墓地给赶了出来。主角好奇地过去看，原来是稀有卡猎人，解决掉！由于手牌上限为5张的影响，"被封印的埃及大法师”几乎是不可能凑齐的，所以尽管"欺负”他吧。取胜后得到"751机动砦～齿轮泥人”，超级废卡。之后稀有卡猎人离开，骨冢也能"回家”了。广场的敌人经己肃清，接下来转换战场！
　　离开钟塔广场，可以到美术馆、公园和卡片商店。美术馆有海马会社的社员看守，现在还不能进入，不过能见到莫良了，遗憾的是，在这里见识不到他的"恶魔爵士乐队”和死亡轮盘DEATH（真见到的话，依主角现在的实力，是完全没有胜利希望的），他只会用一堆平均攻500的烂卡和主角玩，而且胜利后也得不到什么好卡。 取胜后再次向他挑战，莫良会以"卡组还未完成”为理由推托，之后便BYEBYE了。至于卡片商店，就是可以掏钱买卡的地方，来得越晚，这里出售的卡也越多。店右上角有一台密码机，不过输了密码之后，不会马上得到，而是出现在卡片柜台里。跟后面的店员对话，他会说"潘多，啊不，是店长吩咐过，下面的仓库不能进”。向店长挑战，居然回答"我们只是卖卡片的，不和人比试”，真会装。
　　接下来去公园，一进去就遇见古鲁斯集团的成员——人形，但是他现在只会说"………”，估计是在等待主人发指令吧。先不管他，去找昆虫师羽蛾，K掉他身边的"喽喽”，再向他挑战。对付羽蛾还是需要一番准备的，由于附带地形森，他的那些昆虫平均攻都在900左右，还有"763寄生虫”"766代打螳螂”和"899救世主的蚁地狱”等效果卡作祟，如果不使用对羽蛾有针对性的卡组，可是会出其不意的输掉哦！取胜后会得到第五张PUZZLE CARD和羽蛾的主力卡"762昆虫女王”。不过，羽蛾这家伙死不认输，连续击败他3次才罢休，并告诉主角海马现在在桥下。之后，把公园里的"闲杂人等”都打扫干净吧。左上角的那个爆炸式发型，对话选第二项才能和他对决。右上角的女生，击败她后，与她对话，她会问"我是一个可怜的弱者吗”，选择"是”会得到一张"768薄幸的美少女”，同时MM就GO人了。还是选"不”吧。
　　之后回钟塔广场，到游戏的家去，发现马力古（目前他隐瞒了真名）在店里，不过他自称是经"朋友”城之内介绍，来这里玩的，不接受主角的挑战。此时再去卡片商店的话，能进入地下室了。此时店长表明了身份，原来他是古鲁斯集团的成员——奇术师潘多拉，要试一下主角的实力，主角只得应战。附带的地形暗，是对潘多拉的魔法使卡组有利的地形，不过他的怪物几乎全是黑魔族，如果你之前有在卡店买过几张幻想魔族的话，基本上就不可能输了。胜利后得到潘多拉的主力卡"865黑魔导师（潘多拉版）”，这是大家最最熟悉的卡，不必介绍了。而潘多拉突然变成了洗脑态，是被马力古用千年之杖操纵了，马力古与主角对话之后，潘多拉便倒下了。以后再来卡店时，店员会告诉主角"前任店长因病还乡了”。
　　地图上又多出了"桥下”和"ビル”两个地点，从现在开始，卡组里要有一些攻1000以上的4星以下怪物和必要的魔法陷阱，否则会非常艰苦。先到桥下，如羽蛾所言，海马正在这里和人对决，不过他很快就用青眼的白龙把对手摆平了。临走前，海马还要主角转告游戏"要和他在进入决赛前就分出胜负"，让游戏快点来找他。不愧是以与游戏战斗为生存目的的男人，继续深入，在公园里碰过面的人形会向主角挑战，他的怪物以恶魔魔族和水魔族为主，有了前面的准备，并不难对付，胜利后得到"810再生史莱姆”，是能产生分裂的效果卡，还不错。之后的剧情和潘多拉一样，人形也倒下了。
　　再去ビル的游戏厅，正巧孔雀舞在门口，向她挑战，轻松取胜后得到"062神鹰女郎”，再与她对话，舞会告诉主角城之内再游戏厅里，然后便BYEBYE了。进去后与城之内对话，他要去水族馆和尾木渔太比试，所以先走一步，主角只能一个人在这幢大楼里晃了。这里有三层，能对决的人很多，多数是以雷魔族和恶魔魔族为主，而且会频繁地见到"610电气蜥蜴”这张效果卡，能使对手场上一只怪物下回合不能动作。打败他们一般能得到攻1500左右的4星卡或攻1800左右的6星卡。
　　接下来去水族馆看看城之内和尾木的对战，最后是尾木用传说的渔人取胜。然后可以分别向他俩挑战。城之内的卡组居然还是像以前那么弱，难怪会输给尾木。取胜后又是一张"742真红眼黑金属龙”。尾木这边则要求主角击败馆内的其他人后才会接受挑战，他们的卡组和尾木的没多少区别，都是水魔族的水族或鱼族怪物，在海地形下平均攻有1200左右，不利用雷魔族怪物的话，很有可能会输的。最后和尾木战斗，他有最强的陷阱卡"897激流葬”，只要我方作出攻击，就会遭受怪物全灭的打击，务必要小心！胜利后得到了最后一张PUZZLE CARD和他的主力卡"840传说的渔人”。之后与尾木对话，跟铝场和龙崎一样，不要选第一项，否则尾木也会离开水族馆，以后再也不能和他对决了。
　　回到钟塔广场的游戏家，遇见了游戏，却没看到杏子？听爷爷说，城之内和杏子都失踪了！大家正在讨论是怎么一回事，一个古鲁斯集团的小喽喽突然闯入店中，并声称是他们绑架了城之内和杏子，以他俩作为人质，要挟游戏和主角和他们集团的人比试。一番狂言之后，那喽喽扬长而去。无奈之下，游戏和主角只得去寻找古鲁斯的人，向他们问出朋友的下落。在钟塔广场、美术馆、桥下和水族馆都有古鲁斯的喽喽，他们非常弱，怪物全部是恶魔魔族，附带地形暗，所以白魔法使对他们是最有效的。
　　把那些喽喽全灭后来到公园，会看见前美国冠军——盗贼奇斯！只见他用神魔族的怪物杰拉一击打败了羽蛾，真可怕。羽蛾败退后，奇斯突然向主角挑战，奇斯使用的是机械卡组，而且有相当数量的魔法陷阱，不很好应付，另外千万不要让他场上的怪物达到2只，否则恶魔战士、金属恶魔战士、左轮枪黑龙、杰拉那些超强怪物会立即登场，之后要是抽不到激流葬、闪电雷击、黑洞、大岚、死者之腕、寄生虫、沼地的魔兽王等卡的话，就只有死路一条了。艰难取胜后，得到了奇斯的主力卡"743左轮枪黑龙”，昵称"手枪龙”的恐怖效果怪物，有直接破坏敌方场上怪物的能力，最多可破坏3只。
　　回到游戏家，游戏、本田和舞都没有找到城之内和杏子。舞突然想到海马是主办者，他的雷达可以看到所有参赛者的位置，通过他一定可以找到城之内的。与是，游戏决定和主角一起去找海马。来到广场右下角的海马会社，向看门人询问得知，海马也已知道古鲁斯对大会进行破坏的行为，已经出去寻找他们了，现在有事可以找圭平少爷。在ビル找到了圭平，不过他正遭到古鲁斯集团成员——暗与光之假面的威胁，游戏与主角来到大楼顶层，两人各击败一个假面，救出了圭平。再这里要说明的是，两个敌人都不比奇斯强，主角击败光之假面可得到"882假面魔兽～死亡护法师”，击败暗之假面则得到"854假面魔兽～覆颜地狱光”，都是攻击力N高的8星怪物，直接加进卡组吧。
　　从圭平处得知海马目前在美术馆，两人急忙赶去。海马已经赶走了美术馆的古鲁斯喽喽，并帮助两人找到了城之内和杏子的下落，原来他们在埠头（新增的地点）。一来到埠头，两人就被奇斯带着一大帮喽喽拦住了。游戏让主角对付奇斯，自己收拾其他。奇斯已经逼了上来，先应战吧。再次搞定他，得到的是神魔族的"360杰拉”。向海边走就能碰到城之内和杏子，不过他们被马力古洗脑了。马力古通过城之内的身体传话，逼两人和城之内对决，否则杏子就会毒发死去。游戏不愿向城之内出手，任由城之内用炎之剑士将自己打败，被迫跳下了海。主角急忙将游戏救起，并击败城之内，得到了他的主力卡"885真红眼的黑龙”，是PP5版的COOL！！在游戏"城之内，我喜欢你”的呼唤下，洗脑态城之内终于恢复了意识。结局以马力古的失败告终，大家也一起回到了游戏家。
　　现在可以到海马会社门口和海马圭平玩了。圭平的卡多数是植物，一点也不强，胜利后得到"740诱发暗黑沉眠的路西华”，是能让对方场上全部怪物一回合不能行动的效果卡。去水族馆可以看见一个外国人要与孔雀舞交往，但是孔雀舞居然要主角去搞定，自己却直接往决赛赛场去了，怎么又是这样。尽快打发掉这个外国人，进水族馆去吧。可是尾木已经不在了，去哪了呢？对，去埠头看看，果然找到了他。他告诉主角，虽然主角已经进阶为准优胜选手了，他还是会努力的，直到击败主角的那一天。两人互相勉励了一下，就此告别。剩下没进去过的地方只有美术馆了。在这里遇见了马力古的姐姐依西丝，她向主角讲述了三只幻神兽的传说和弟弟的阴谋，并向主角提出试练的要求。依西丝的怪物几乎全是白魔族，虽然攻击力都很高，但只要在卡组里加入大量黑魔族，就能轻松通过试练，并得到8星以下的神魔族中攻击力最高的"708宇宙女皇”。之后依西丝对主角的实力表示满意，并打算把三圣战神之一交给主角，希望主角能救回弟弟。
　　此时海马却"突然乱入”，向主角挑战，如果他胜利，幻神卡就归他所有。海马的怪物多数攻击力在1500以上，而且什么魔族的都有，因此这一战就全看大家的实力和运气了，好自为之。取胜后得到了海马的最强卡"866青眼的究极龙”(Ver.2)，确实是究极卡。海马悻悻离去，依西丝也将三张幻神卡之一的"832圣石的巨神兵”交给主角，然后也离去了。该卡的效果是敌方场上怪物全灭且直接扣去4000LP，不可不用啊！！
　　接下来回到游戏家，原来城之内也终于集齐了六枚PUZZLE CARD，决赛场地也已决定了，于是大家一起前往体育馆建设预定地（新出现的地点）参加决赛。到了门口，马力古。出现，原来他也得到了决赛资格，并带着大家一起进去了。孔雀舞早已到达，还嫌大家太迟了。和她对话可得到一张"875神鹰女郎SB”，攻很高的4星卡。过了一会儿，莫良了也匆匆赶到，他也取得了决赛资格。还差一分钟的时候，最后的决赛参加者古鲁斯集团成员——里希德也抵达了，不过他却是化名为马力古参赛。为什么呢？既然全员到齐，飞机也可以起飞了。
　　然后就是期待已久的决赛了。第一场抽到游戏对莫良，两人都借千年道具的力量将人格转换为暗游戏和暗莫良，最后暗游戏召唤地狱的天空龙击败了暗莫良。第二场抽到主角对里希德，游戏也觉察出里希德并非千年道具的持有人，不是真正的马力古。里希德的卡组主要是土魔族且为岩石族，由于地形荒野和强装备魔法的缘故，4星以下怪物的攻击力几乎全部都在1500-2000之间，还有超强的效果怪物圣兽塞尔凯特，使得他非常难对付，全靠风魔族相克和大量消灭怪物的魔法陷阱才能取胜。艰难得胜后，得到了里希德的主力卡"874圣兽塞尔凯特”，是能吸收对手一只怪物使自己攻守上升一级的BT效果卡。
　　之后真正的马力古也撕破了伪装，并借千年之杖的力量将人格转换为暗马力古，声称要毁灭除自己以外的一切。第三场抽到城之内对马力古，暗马力古使用千年之杖的力量将这场对决变成黑暗游戏，并召唤太阳的翼神龙夺得了胜利，城之内则由于黑暗游戏的缘故遭到惩罚，失去了意识。朋友们都在房间内照顾城之内，舞更是咬牙切齿，并说绝对不会放过马力古。不过之后的第四场，孔雀舞却被海马用青眼的白龙击败了，只能寄希望于游戏和主角，希望他们能打倒马力古。另一方面，马力古也在自己的房间里照看里希德，自然也是说势必让主角落得和城之内相同的下场。
　　飞机也抵达了真正的决赛场所——决斗之塔（新出现的地点）。随后半决赛开始，首先是游戏对主角。暗游戏的怪物并不强，平均攻1500左右，但是他的魔法卡很多，洗脑、心变、光之护封剑、死者苏生都是少不了的。因此，自己的卡组也要怪物魔法陷阱比较平衡的那种比较好，不然会吃不少亏。取胜后得到游戏的主力卡"035黑魔导师”和幻神卡之一的"833地狱的天空龙”，效果是根据手牌数量能提升三级攻守，立即加入卡组。接下来是马力古对海马。海马召唤出青眼的究极龙，但暗马力古再次召唤太阳的翼神龙，海马也被击败了。
　　最后，就是马力古对主角的最终战了。暗马力古的怪物以恶魔为主，在地形暗之下，4星以下怪物的攻击力就能超过2000，还有能直接攻击对手LP的"877宇宙人马兽”和能吸收对方怪物的神魔族怪物"734千眼纳祭之魔”，实在是BT。要取胜，最好的办法就是在卡组里加入大量消灭怪物的魔法陷阱，再加上一点运气，这样很快就能见到胜利的曙光了！！胜利后得到最后的幻神卡"834太阳的翼神龙”，是能把自己的LP减到只剩1，再全部转为对手LP直接损伤的恐怖自残怪物，而失败的马力古也变回了普通的人格，昏倒在地。
　　比赛结束后，城之内、海马和里希德也都醒了过来。大家乘飞机回到了童实野町，依西丝出现，为主角救回弟弟表示感谢，还希望主角能把三张幻神卡还给她（带回去交还埃及文物局？），主角欣然应允。里希德也抱着昏睡的马力古。离开，临走前也向主角道谢。终于，一行人回到了家，大家说明天还要去学校，于是就在钟塔广场告别。之后就是ENDDING画面了。